咖啡豆是由咖啡樹這種植物的果實種子烘焙而成。
咖啡樹屬於被子植物門雙子葉植物綱茜草科咖啡屬，咖啡屬的植物約有七十種，其中有兩種重要的商業作物，一種是阿拉比卡種（Coffee Arabica），另一種是剛果種（Coffee Canephora）。也許多人沒聽過剛果種，這就是所謂的羅布斯塔種。事實上羅布斯塔種只是剛果種的品種之一，只是知名度較高，因此成了剛果種的代名詞。
阿拉比卡種約佔現行咖啡產量的60%，底下有帝比卡（Tipica），波旁（Bourbon）等諸多品種，擁有普遍受到喜愛的風味。不過缺點就是抗病力弱。摩卡、吉力馬扎羅、藍山等消費者熟悉的咖啡多半都是阿拉比卡種的商品名稱。
剛果種約佔現行咖啡產量的三五％，擁有麥茶般獨特的香氣和強烈的苦味，耐病力強是其特徵，1900年起因為阿拉比卡種發生嚴重的疾病問題，使得剛果種急速普及。
其他還有亞洲和西非部分地區生產的賴比瑞亞種（Coffee Liberica），不過只佔不到咖啡總產量的1-2％。剩下的六十幾種咖啡樹難道沒有商業價值嗎？關於這一點，現在還無法斷言。近年來生化技術顯著進步，各類咖啡樹都有可能出現嶄新的利用價值。